🧬 Práctica de Aula 4 – Algoritmos de Brujin
Descripción del trabajo realizado
Este informe presenta el desarrollo de tres ejercicios prácticos enfocados en los algoritmos de Brujin, aplicados al ensamblaje de secuencias de ADN a partir de fragmentos cortos.
El objetivo principal fue comprender el funcionamiento de los grafos de Brujin como herramienta bioinformática en los métodos modernos de secuenciación genómica.
A lo largo de la práctica se abordaron tres escenarios complementarios:
- Cuestión 1: Se partió de un conjunto de fragmentos de ADN y se construyó el grafo de Brujin a partir de sus prefijos y sufijos de longitud (k-1), observando cómo las lecturas se conectaban mediante aristas que representaban las superposiciones entre fragmentos.
- Cuestión 2: Se elaboró un nuevo grafo con diferentes lecturas, logrando encontrar un camino euleriano que permitió reconstruir la secuencia original de ADN.
- Cuestión 3: Se analizó un caso con repeticiones y ambigüedades, donde no fue posible determinar un único camino euleriano, reflexionando sobre las causas y posibles soluciones, como variar la longitud de (k) o emplear técnicas complementarias.
El conjunto de ejercicios permitió demostrar tanto la potencia como las limitaciones de estos algoritmos en el ensamblaje de genomas.