🧬 Práctica de Laboratorio 3 — Alineamientos de Proteínas

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Objetivo de la práctica

Aplicar la clase PairwiseAligner de Biopython para alinear secuencias de aminoácidos y analizar cómo varían los resultados según el origen de las secuencias y la matriz de sustitución empleada.

Enunciado

Implementa un programa en Python que realice alineamientos de proteínas en dos escenarios distintos:

a) Generación automática de secuencias aleatorias

  • Crear secuencias de aminoácidos de manera automática, sin intervención manual.
  • Utilizar PairwiseAligner para obtener:
  • El alineamiento óptimo.
  • La puntuación total (score).
  • Métricas adicionales como porcentaje de identidad o número de coincidencias.

b) Alineamiento usando secuencias reales obtenidas de bases de datos

  • Descargar secuencias reales desde UniProt u otras bases de datos biológicas.
  • Guardar las secuencias en formato FASTA.
  • Explicar cómo se obtuvieron:
  • Buscar la proteína en UniProt.
  • Acceder a la entrada correspondiente.
  • Seleccionar Download → FASTA.
  • Guardar los archivos en tu carpeta de trabajo.

Comparación de matrices de sustitución

Realiza el alineamiento empleando distintas matrices, comparando resultados, ventajas y limitaciones:

  • BLOSUM62 → estándar para secuencias moderadamente divergentes.
  • PAM250 → adecuada para secuencias muy evolucionadas (divergentes).
  • Matriz personalizada → permite explorar penalizaciones distintas y analizar su impacto.

Incluye una reflexión comparando: - Cambios en la puntuación. - Alteraciones en la longitud del alineamiento. - Sensibilidad de cada matriz según el tipo de secuencia.

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